Abstract

DO.19.09

Freud und Leid von Microarraystudien – Vom Labor zum biologischen Sinn

Frank Schirra, Berthold Seitz

Klinik für Augenheilkunde, Universitätskliniken des Saarlandes, Homburg/Saar

Hintergrund
Das letztliche Ziel wissenschaftlicher Arbeit ist es, Zusammenhänge zu eruieren und daran gebundene Funktionen zu verstehen. In dieser Hinsicht bieten sich umfangreiche, teilweise genomweite Genexpressionsstudien mittels Microarrays an. Möglichkeiten und Grenzen sollen an einem Beispiel herausgearbeitet werden.
Methode
Die Genexpression der Meibomdrüse der Maus unter hormonellen Einflüssen wird beispielhaft untersucht. Die Analyse erfolgt mit GeneSifter Software.
Ergebnisse
Die Analyse integriert zahlreiche Hilfsmittel, um die biologische Signifikanz der Daten zu untersuchen, wie z.B. Z-Score Analyse, Visualisierung beeinflusster Gene innerhalb bekannter Stoffwechselpfade, direkter Zugriff auf Geninformationen externer Datenbanken, wie Gene Ontology, GenBank, UniGene, Homologene, OMIN, Entrez Gene, PubGene, GeneCards etc. Eine Informationsfilterung z.B. nach Chromosom, KEGG Pfaden, Einflussfaktoren oder genontologischen Kriterien ist möglich.
Schlussfolgerungen
Die Kombination von Microarrays und geeigneter Analysesoftware stellt ein mächtiges Werkzeug bei der Suche nach der biologischen Bedeutung gefundener Zusammenhänge dar. Nicht entbunden sind wir jedoch von einer kritischen Prozess- und Ergebnisevaluierung.

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